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Markdown+Pandoc科学论文写作方案

周末了,早上起来外边还在下小雨,站在阳台上看了会雨。阳台前边就是一个很大的公园,

早起的鸟儿已经开始忙碌了,我竟然在窗口那棵树上看到了一只彩色的小鹦鹉,非常漂亮。

中午吃过饭做城铁来到办公室,手边一杯咖啡,开始想要把这几天困扰我的一个问题解决掉。

一直在用LaTeX写论文,很好很强大,对数学公式的支持几乎可以用完美来形容。但是只有一个问题,每次当我写好东西想要发给导师或者同事开始协同写作的时候,LaTeX到PDF然后到Word文档的转换成了一个比较麻烦的事情。当我从PDF中拷贝粘贴文本到Word的时候,格式全乱掉,数学公式一团糟。之后手动调整格式的过程让使用LaTeX写作的优势看起来似乎抵消掉。

我不打算也知道很难劝说导师和周围的人都使用LaTeX,实话说,LaTeX的好处用过的都知道。但是,当科学写作更多的需要协作的时候,除非周围的人都使用LaTeX,否则每次转换格式都会浪费许多时间,而且也容易出错。

于是想要寻找一个LaTeX的替代解决方案,并非完全要放弃LaTeX。因为科技论文写作

不可避免要有许多数学符号和公式。而且许多期刊都提供了LaTeX模板,因此如果这种

替代方案需要让我完全放弃LaTeX,我也会有些犹豫的。

好在发现了Markdown,更确切的说,是发现了Markdown+Pandoc的组合。

什么是Markdown

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简单一句话就是:用纯文本写作,同时用直观的轻量级标记来格式化文档。

为什么要使用纯文本创作?

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我的哲学是,任何基于字符的创作都应该是内容至上(除了书法)。这包括写小说,写

论文,或者是写代码。在创作过程中,尤其是前期创作中,任何格式都是一种多余。这

一点大家可以想像一下作家用纸笔写小说,纸上总不能高亮或者加粗吧?用内容说话才

是王道。

什么是Pandoc?

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Markdown本身是为了方便输出到HTML格式的。可是后来大家不局限于只是生成HTML

网页,而Pandoc就是为了解决这种需要。通过Pandoc,原始的Markdown文本可以顺利

的转换成Word文档(.docx),OpenOffice文档(.odt),或者是TeX文档(.tex)。

为什么Markdown+Pandoc的组合让我动心?

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1. 轻量、简单易学、上手容易。实话说学LaTeX已经花了不少功夫,我不想再学习另一种

复杂的语言,只是为了写作文章。Markdown符合需求。

2. 能够顺利转换成Word文档。毕竟周围的人用Word还是不少,能够顺利和他们分享文档

也是我的基本需求之一。这点Pandoc可以解决。

3. 能够转成TeX文档。这个对我来说也是必须的,目前为止Markdown对数学和表格的支持

还是有些弱。Pandoc可以将Markdown转到TeX文件,这一点对我来说吸引力非常大。

如何配置Mardown+Pandoc?

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几乎不需要配置。下载Pandoc安装就行。五分钟就可以搞定上手。

MD的介绍可以看这里:[维基百科Markdown](http://zh.wikipedia.org/wiki/Markdown)

Pandoc的介绍可以看这里:[Pandoc用户指南](http://www.ituring.com.cn/article/746)

我现在的写作流程

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1. Vim中写作MD原始文本

2. 需要分享时通过Pandoc转换为.docx

3. 需要发表到学术期刊时,通过pandoc转为TeX,然后调用期刊的LaTeX模板,生成PDF。

这样,既避免了转到另一种更复杂的解决方案,同时能够保证和同事之间的分享。而且最重要

的是没有放弃LaTeX,保留了后期转到LaTeX的灵活性。

有哪些问题?

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当然,这种解决方案并非完美,目前来看问题主要有:

1. 数学公式。Pandoc虽然可以把LaTeX math渲染成很漂亮的HTML公式,但是目前来看

似乎无法很好的渲染到.docx文档中。也有可能是因为我电脑上没有装Office,而是用苹果

的Pages,所以不支持MOMML(Microsoft’s Office Math Markup Language)语言?好吧,

看来又是一个编辑器专用的东西。那么数学公式怎么办呢?我现在的办法是,依然用TeX

Math直接在Markdown中写数学公式,转好DOCX文件之后,\begin{equation}和\end{equation}

之间的部分不会输出,我再用LaTeX it!(一个小工具,转LaTeX数学公式到PDF或者图片,

非常简单,拷贝粘贴就行)插入到DOCX文档中。我不是搞数学或者物理的,文章中公式并

不是很多,因此,这并不是太大的问题。

2. 参考文献。用Markdown+Pandoc的话,当然可以直接使用Pandoc的文献插入格式。但是

这里有一个问题,因为我需要后期转到TeX文档,现在看来Pandoc在把MD转到TeX之后,

仍然保留的Pandoc的cite key{author:year},而不是LaTeX的cite key (\cite{author:year})。

但是,这个世界总是有很多办法的。我的办法就是,直接插入Papers2(文献管理软件)的

cite key,对于上边那篇文献,Papers2的cite key长这个样子:{author:year}。当我生成DOCX

之后,{author:year}依然保留在DOCX文件中,然后我只需要很简单的用Papers2格式化一下

文档就行(超级简单)。那么转到TeX中呢,{author:year}依然保留,不过变成这个样子了:

\{author:year}。大家可以看到,这里和LaTeX的cite key唯一不同的地方就是,\{author:year\}

之间少了个cite,然后第二个大括号的前边多了一个“\”。哈哈,有办法了。直接用Vim的查找

替换。首先,替换前边的”\{“为”\cite{“:在Vim中输入::%s/\\{/\\cite{/g 。然后替换后边的”\}”

为”}”::%s/\\}/}/g 。经过这两步,本来还是\{author:year\}的cite key就变成了LaTeX的cite

key \cite{author:year}了。

搞定!Perfect!

好了,现在可以放心的用Markdown+Pandoc的组合来写论文了,插数学公式或者参考文献

都没有问题。同时既保留了Markdown的轻量,同时可以无缝转换到其它文档格式,最关键

的是,和LaTeX也有非常完美的结合。

下一步,就是怎么想办法诱惑周围的人(包括导师和同事)也开始放弃Word,来使用Markdown

写论文了。更大的理想是,通过使用纯文本写作,再结合GitHub进行协作,实行版本控制,

commit, push, pull。。。你懂的。。。。

原文:http://www.douban.com/note/245109923/

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