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R Markdown与RStudio IDE深度结合

The RStudio IDE 拥有非常多的独特设计,该设计能够方便编写执行交互式文档,本文介绍以下几点主要设计。

文件样板

使用 R Markdown

Markdown 快速指导

执行按钮

预览框

文档选项

插入代码块

发布到http://shinyapps.io

R Markdown 控制台

如下图所示:

1. 文件模板

当你打开新的.Rmd文件时候, RStudio IDE 提供一个模板文件,打开新文件的“姿势”:File> New File > R Markdown.

打开后,将会弹出YAML帮助对话框:

在对话框中的侧边栏,可以选择.Rmd的输出类型,以下:

Document – 静态文档

Presentation – ioslides 或 beamer 幻灯片

Shiny – 交互式文档

From Template – 利用你曾经保存的模板类型

用复选框选择你想要的输出格式,选项功能与文件类型不同而不同。

你也可以通过代码窗口输出文件类型进行修改。

为了制作一个交互式文档,选在Shiny(侧边栏),选择 Shiny文档(复选框) ,ok!

RStudio将会打开一个新 .Rmd 文件,文件包含YAML内容,包括所有文件参数,当然你必须用正确的 rmarkdown::render(),你也可以后续手动修改参数。

RStudio将创建一个简单的模板范文,呈现少数基础的特性,那么,这就意味这你能立马执行这个文件,下图展示了交互式文件的模板。

2. 使用R Markdown

当你打开.Rmd文件,IDE在脚本框中有一个问号“?”,这个”?”可以打开下拉菜单,展现两个非常棒的教学资源。

“Using R Markdown,”选项打开R markdown网页 :,rmarkdown.rstudio.com. 这里有功能介绍,随时可以查询。

3. Markdown Quick Reference

“Markdown Quick Reference,” 打开 markdown 语法向导,向导出现在帮助框。

向导用一个范例来展示markdown语法,在行文过程中,对照使用简介有效。

4. 执行命令按钮

如果.Rmd文件包含 runtime: shiny 在YAML 头条, RStudio IDE 将在脚本框中自动显示:“Run Document”。

“Run Document” 是rmarkdown::render 命令的快捷方式,能够快速执行渲染 .Rmd 文件,. The RStudio IDE执行结果将视窗展示。

同时你可以一边编辑 .Rmd文件一边预览结果, 保存文件可以看到最终结果,“refresh”功能早就为你准备好了。

如果 .Rmd文件不包含 runtime: shiny, RStudio IDE 将展示“Knit HTML” 按钮代替 “Run Document”, “Knit HTML”按钮有类似的功能,它 渲染文件并展示输出结果。

Knit HTML按钮有下拉菜单可以选择最终的输出结果的文件类型。

5. 预览框

默认RStudio IDE 会自动视窗展示Rmd文件的预览结果,不过,你可以选择输出场景,“View in Pane”在“Knit HTML”下拉菜单当中。

6. 文件选项

“Run Document” 右侧的工具选项能够自定义交互式文档,向导功能如下:

包含内容框

语法高亮

bootstrap CSS 主题

自定义css

标题号

尺寸和添加题注的数字

调整呈现过程

RStudio IDE 将在点击 “Run Document”之后执行设定。

7. 插入组块

在脚本框的左上角,组块按钮的下拉菜单能够很好的帮助你管理你的文件。

第一个选项非常值得称赞,能够在光标为之插入一个代码块,在此基础上可以随意编写代码,

8. 发布到 http://shinyapps.io

如果安装了 shinyapps 包,详见( Getting started with shinyapps.io, ),RStudio IDE 在交互式预览窗口的右上角有一个发布按钮,非常好用。

在网站发布之后,文档就有web的URL,可供其他人访问。

9. R Markdown控制台

一旦执行渲染 .Rmd文件,RStudio IDE 打开第二个控制台来展示输出,这个对话框不但展示执行过程,而且会提示代码错误,若是交互式文档,对话框将会提示对应的app的错误。

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